FRLe Marae Taputapuātea est la structure archéologique la plus importante du complexe. Il est entièrement pavé et présente un plan trapézoïdal. Il a fait l’objet de plusieurs restaurations, une première fois en 1968, puis en 1995. La cour pavée mesure dans ses plus grandes dimensions 44 m de long et jusqu'à 60 m de large.
Le marae était dans sa dernière phase d'occupation, dédié au culte du dieu 'Oro. D'après la tradition orale, il se nommait auparavant « Marae Tinirau-Hui-Mata-o-Fe'oro », puis Vai'ōtaha. Lors de sondages réalisés dans les années 1960, les archéologues Kenneth Emory et Yosihiko Sinoto ont retrouvé dans la cour de nombreux charbons de bois et des fragments d'ossements humains. Un pavage plus ancien est enfui sous celui qui apparait en surface.
Cinq pierres dressées sont réparties sur le pavage, dont les plus remarquables sont proches du ahu, la plateforme surélevée avec de grandes dalles de corail à l'arrière de la cour.
La pierre la plus proche du ahu mesure 1,70m de hauteur. Toujours d’après la tradition orale cette pierre marque l'emplacement où le cordon ombilical des enfants ari'i était enterré.
La deuxième grande pierre dressée mesure 1,50m de hauteur, elle servait, selon la tradition orale, aux sacrifices humains. L'on remarque que le bord latéral a été taillé, formant un tranchant.
Le ahu du Marae Taputapuātea est la partie la plus sacrée du site. Long de 42,50m pour une largeur comprise entre 7 à 8m, il est orienté nord-sud, contrairement aux autres marae du site, qui sont tous orientés vers la mer. À l’intérieur de l’ahu actuel, il existe deux versions plus anciennes et plus petites, l’une construite autour de l’autre, de même que le pavage de la cour recouvre un niveau antérieur, traduisant un agrandissement caractéristique des évolutions religieuses et des compétitions de prestige et de pouvoir intenses entre les chefferies des Îles Sous-le-Vent de la période des chefferies ari'i puissantes jusqu'au début du XIXe siècle.
Le ahu possède à son sommet un enclos où l'effigie du dieu était déposée durant les cérémonies.
Accolée à la façade du ahu, se trouve le ava’a, une petite plateforme dont la fonction était équivalente à un autel sacré. Aujourd’hui, les offrandes modernes y sont déposées.
La description du marae serait incomplète sans évoquer l’arbre banian ora qui pousse au sommet du ahu. Il était déjà présent dans les années 1960 au moment des premières restaurations. Il serait un rejet du banian mythique décrit dans la légende de Hina.
Un autre marae plus petit voisine le ahu de Taputapuātea et partage sa cour pavée. C’est le Marae ō Hirō. Il serait le marae de Hiro, ancêtre fondateur de la lignée de la chefferie Tamatoa.