Les motu de Ua Huka sont des habitats essentiels pour 10 espèces reproductrices d'oiseaux marins dont 3 sont menacées au niveau international.
L'écosystème marin côtier abrite une diversité d'espèces emblématiques menacées réalisant des étapes clés de leur cycle de vie : mise bas et nurserie pour les requins ; alimentation/nidification/reproduction pour les oiseaux marins ; et zone de repos pour les mammifères marins particulièrement les dauphins d'Electre.